二日間消耗してようやくCUDA5 & pyCUDA on Debian wheezy

研究費でnVidiaのGPUを購入出来たので、前々から挑戦してみたかったGPGPUプログラミングに挑戦して見ることに。

ついでにSSDとメモリも購入したいので、OSごと再インストール。

メインのOSはこれまでububtuを愛用していたのだけれど、ubuntuを使い続けることに不安を感じてきたので、ここらで他方面に乗り換えてみることに。

候補はいろいろあるけれど、Linux Mintが好評だけどベースのひとつはubuntuだしちょっと気がひけるので、Debianに乗り換えてみる。
まあubuntuの親みたいなものだし、これまでの知識も無駄ではないだろうということで....

ちょうどDebian 7 wheezyもリリースされたところだし!!

んで、インストールしてみた印象は、やっぱりubuntuはデフォルトでも十分使いやすいディストリなんだなと改めて感心した。
Debianだといろいろと追加しないと行けないので、デフォルトでは使いづらい。

でも安定感はこちらも負けていない。
少し前まではsidのリポジトリを追加しないと心もとなかったけど、今のところは不自由していない。
Debianは初心者なので、これからぼちぼち勉強していこう。



さて、CUDA
ubuntuのリポジトリにはCUDA5が上がっているみたいだけど、wheezyはおそらくcuda4のままみたい。sidにはCUDA5が登録されているようだけど.....

ということで、ソースからインストールすることにしたのだけど......

しかし.....

ただドラーバーをインストールするだけで二日間も消耗してしまった....


ちょっとばてたので、インストール方法は元気になったら載せようと思う。

Terrain Ruggedness Indexなるもの

Gdalツールのgdaldemには簡易ながら地形解析をするオプションがある。

• hillshade
• slope
• aspect
• color-relief
• Terrain Ruggedness Index (TRI)
• Topographic Position Index (TPI)
• roughness

使い方はマニュアルの通り

gdaldem [オプション] [入力するDEMファイル名] [出力ファイル名]

オプションにはslopeとかaspectとか、TPIとかを指定する。

これは、QGISの[ラスタ]→[解析手法]→[DEM（テリアンモデル）]にも組み込まれているので、コマンドラインだけでなくQGISのGUIからでも操作できる。

ところで、TPIとか他のオプションは馴染みがあるのだが、Terrain Ruggedness Index (TRI)なるものの正体がわからなかったので調べてみた。

Wilson et al. (2007)によると、3セル×3セルのウィンドウの場合、対象となる中心セル$Z_{(0,0)}$のTRI値は

   $TRI = \frac{(|Z_{(-1,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(0,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(-1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,-1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,1)}-Z_{(0,0)}|)}{8}$

となる。

任意のウィンドウサイズ（n×n）の場合には、

$TRI (n) = \frac{\sum_{i=-N}^{N}\sum_{j=-N}^{N}|Z_{ij}-Z_{00}|}{(n^{2}-1)}$

となる。
このとき $N=\frac{(n-1)}{2}$である。


式をみればわかる通り、これは標高の二次微分、つまりデジタルラプラシアンに相当する。

Garmin GPSmap62sで国土地理院の地形図を表示する

ガーミンGPSで国土地理院の地形図を表示させる手順についての防備録

1. まずQGISのOpenlayersプラグインを使って電子国土をQIGS上で表示できるようにする
方法は以下を参照

地図はたいへん　QGISで電子国土基本図

ちょっと手間はかかるけど比較的簡単に終了。

2.QGISプラグインからGarminCustomMapをインストール

以上で準備は完了


あとはOpenlayersプラグインから電子国土をロードして、欲しい範囲の地図をGarminCustomMapで切り取るだけ。

1.電子国土基本図をロード

２．GarminCustomMapのアイコンをクリック

適当に名前をつけて保存をクリック


３．そうすると次のような情報画面が表示される

ここで大事なのがrowsとcolumsの部分。

この場合は　595 rows, 1278 colums

これを次の画面で入力する

４．rowsとcolumsに先ほどの値を入力

５．そしてOKをクリック

できた画像をGPSのカスタムマップフォルダにコピー
これで地形図がGPSに表示される。

かんたんかんたん

白髪山に行ってきた

改めて白髪山に行ってきた。
今日はふるさと林道から避難小屋までのルート

白髪山のブナ林

林床は刈りこまれたミヤマクマザサ

ウラジロモミの純林

ウラジロモミは食害がひどいので、みんな腹巻してます。
林床では表土の流亡が目立ちます。

ガリーも徐々に発達しているようで、斜面浸食がいたるところで見られます。

うぅ....

大山沢に行ってきた

久しぶりに大山沢に行ってきた

2013年5月26日秩父市

いつもの通りモニタリングサイト1000の作業のためです。
梅雨前の気持ちの良い時期でした。

相変わらずシカの食害がひどいですが....

さおりが原に行ってきた

昨日に引き続き、山嶺のさおりが原に行ってきた。
こちらも同じように、シカに食い荒らされています。

うぅ....

白髪山（三嶺）にいってきた

今日は研究室のメンバー＆地学の先生と白髪山登山に行ってきた。

ルートは白髪山登山口から白髪山、白髪分岐、ふるさと林道。

白髪山山頂からカヤハゲ、三嶺、アオザレを望む

今回の登山の目的は、シカによる食害の状況の観察。

状況はかなり悪く、山域ほぼ食い荒らされている状況。
上の写真は白髪山山頂の枯れ上がったダケカンバなどの低木林
林床植生は、ミヤマクマザサはまだ残っているけど、その他はほぼ壊滅的な状態。
ウラジロモミは樹皮剥ぎの被害がひどく、枯死木も目立つ。

どこもかしこも....

さらに悪いことに三嶺では林床植生の衰退による表土の流亡、斜面崩壊が進んでいる。

山域全体で土砂災害の発生リスクが高まっている
とにもかくにもシカの個体数をなんとかしないと....