A Big Fish in a Little Pond (もきログ)

2013年6月18日火曜日

Rのコンソールの出力をカラー表示にするパッケージ

パソコンのシステム入れ替えにともなって、いつものようにR用のエディタ（VIM）も再設定。

その際、Rのコンソールの出力をカラー表示にするパッケージを発見。

なにやらCRANのポリシーに反するそうで、インストールは以下のようにR上で直接ダウンロード＆インストール

download.file("http://www.lepem.ufc.br/jaa/colorout_1.0-1.tar.gz", destfile = "colorout_1.0-1.tar.gz")
install.packages("colorout_1.0-1.tar.gz", type = "source", repos = NULL)

パッケージをロードすると、自動でカラー出力になる。

まあ.....ちょっと気持ち悪い気もするが.....いや気持ち悪い

カラーハイライトはエディタだけでいいかな

2013年6月16日日曜日

二日間消耗してようやくCUDA5 & pyCUDA on Debian wheezy

研究費でnVidiaのGPUを購入出来たので、前々から挑戦してみたかったGPGPUプログラミングに挑戦して見ることに。

ついでにSSDとメモリも購入したいので、OSごと再インストール。

メインのOSはこれまでububtuを愛用していたのだけれど、ubuntuを使い続けることに不安を感じてきたので、ここらで他方面に乗り換えてみることに。

候補はいろいろあるけれど、Linux Mintが好評だけどベースのひとつはubuntuだしちょっと気がひけるので、Debianに乗り換えてみる。
まあubuntuの親みたいなものだし、これまでの知識も無駄ではないだろうということで....

ちょうどDebian 7 wheezyもリリースされたところだし!!

んで、インストールしてみた印象は、やっぱりubuntuはデフォルトでも十分使いやすいディストリなんだなと改めて感心した。
Debianだといろいろと追加しないと行けないので、デフォルトでは使いづらい。

でも安定感はこちらも負けていない。
少し前まではsidのリポジトリを追加しないと心もとなかったけど、今のところは不自由していない。
Debianは初心者なので、これからぼちぼち勉強していこう。

さて、CUDA
ubuntuのリポジトリにはCUDA5が上がっているみたいだけど、wheezyはおそらくcuda4のままみたい。sidにはCUDA5が登録されているようだけど.....

ということで、ソースからインストールすることにしたのだけど......

しかし.....

ただドラーバーをインストールするだけで二日間も消耗してしまった....

ちょっとばてたので、インストール方法は元気になったら載せようと思う。

2013年6月11日火曜日

Terrain Ruggedness Indexなるもの

Gdalツールのgdaldemには簡易ながら地形解析をするオプションがある。

hillshade
slope
aspect
color-relief
Terrain Ruggedness Index (TRI)
Topographic Position Index (TPI)
roughness

使い方はマニュアルの通り

gdaldem [オプション] [入力するDEMファイル名] [出力ファイル名]

オプションにはslopeとかaspectとか、TPIとかを指定する。

これは、QGISの[ラスタ]→[解析手法]→[DEM（テリアンモデル）]にも組み込まれているので、コマンドラインだけでなくQGISのGUIからでも操作できる。

ところで、TPIとか他のオプションは馴染みがあるのだが、Terrain Ruggedness Index (TRI)なるものの正体がわからなかったので調べてみた。

Wilson et al. (2007)によると、3セル×3セルのウィンドウの場合、対象となる中心セル$Z_{(0,0)}$のTRI値は

$TRI = \frac{(|Z_{(-1,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(0,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(-1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,-1)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,0)}-Z_{(0,0)}| + |Z_{(1,1)}-Z_{(0,0)}|)}{8}$

となる。

任意のウィンドウサイズ（n×n）の場合には、

$TRI (n) = \frac{\sum_{i=-N}^{N}\sum_{j=-N}^{N}|Z_{ij}-Z_{00}|}{(n^{2}-1)}$

となる。
このとき $N=\frac{(n-1)}{2}$である。

式をみればわかる通り、これは標高の二次微分、つまりデジタルラプラシアンに相当する。

2013年6月9日日曜日

Garmin GPSmap62sで国土地理院の地形図を表示する

ガーミンGPSで国土地理院の地形図を表示させる手順についての防備録

1. まずQGISのOpenlayersプラグインを使って電子国土をQIGS上で表示できるようにする
方法は以下を参照

地図はたいへん　QGISで電子国土基本図

ちょっと手間はかかるけど比較的簡単に終了。

2.QGISプラグインからGarminCustomMapをインストール

以上で準備は完了

あとはOpenlayersプラグインから電子国土をロードして、欲しい範囲の地図をGarminCustomMapで切り取るだけ。

1.電子国土基本図をロード